Goumois liegt am Doubs, an der französischen Grenze im Kanton Jura. Der Etang de la Gruère liegt knapp 10 km (Luftlinie), Saint Ursanne und Prontrut rund 20 km entfernt. Aufgrund der hügeligen Gebietes weichen die tatsächlichen Strassenkilometer massgeblich von der Luftlinie ab.